主人公たちが属する集団の名前。学園長や、他の生徒たちなどから依頼・相談が寄せられる。
生徒たちは夜・昼問わずに分室の存在を全員が知っており、「何か不思議なことや困ったことがあれば、ここに相談に来るように」と学園から言われている。
学園内において、唯一放課後に風紀委員から追い立てられない存在でもある。 風紀委員たちは間違って追い立てないため、全員が特査のメンバーの顔と名前を覚えるように指導されている。
元々は創立時から存在していたが長らく活動はしていなかったため、鹿ケ谷憂緒が一人で復活させた。

作中の人物はほとんどが普通の人間であり、不思議なことはすべて学園に存在する魔術道具である『遺品』によって引き起こされている。
それぞれの法則に沿った現象しか起きないため、道具の特性さえわかっていれば普通の人間でも対処が可能。
ただし、中にはほんの一握りであるが『魔女（マギエ）』と呼ばれる魔術的な力を持った特別な人間は存在すると言われている。

学園の創設者クラール・ラズリットは、魔術的な要素の含まれたさまざまな品物を世界中から集め、 学園の地下にある図書館のさらに地下にある地下宝物庫に保護もしくは封印して管理している。　学園内に封印するため、すべての品物には創設者の刻印が押され、刻印の魔術により 学園の敷地外には持ち出せないように細工がされている。
これらの学園が管理している魔術道具は『遺品（ミスト）』と呼ばれる。遺品には個々に様々な能力があり、使用期限や条件もある。
また、扱うには使用者の潜在魔力が必要となり、魔力が足りない場合は何らかの代償が求められることもある。 遺品の力を必要とする人間の元に現れる、または人間を引き寄せるような傾向にある。 遺品を扱う人間はその遺品が求める代償（もしくはその詳細）が分からずに使用しトラブルになることも。
なお、学園を創設するにあたって創設者が作成した全ての遺品の種類と能力の詳細を記した目録があり、学園の地下図書館におさめられている。

舞台となる「天秤瑠璃学園」は大きな時計塔が印象的な全寮制の学園。
敷地は広い。 密かに世界中から不思議な考古学遺物や古文書、骨董品、いわくつきのアンティークなどが集められており、中には本物の不思議な力を持つ魔術道具『遺品』が存在する。
また、学園自体がひとつの大きな魔術装置になっており、夜になると校舎全体が異世界である『夜の世界』に繋がり、夜の世界に住む生徒たちを受け入れて授業を行っている。
学園の創設者クラール・ラズリット（Kral Lazurit）自身が特異な力をもった魔女であり、失われた数々の魔術や特殊な力を持つ魔女たちを集め、保護・封印するのが目的で創設された。現代ではその学園の真実の姿を知るものは少なく、普通の『学校』として運営されている。

他の学校より授業時間が少し短く、放課後が早い。
その代わり寮の門限がかなり厳しく、決められた時間に必ず自室に戻るように徹底されている。一旦寮に帰ると、外出は基本的に認められない。が、寮内ならば自由に行動できる。 理由は本人の安全と夜の世界の秘密を守るためである、とのこと。
生徒は寮に帰ると基本的に外出できないため、寮内にはいろいろな施設がありそれぞれの部活動なども寮で行われている。
東棟と西棟の二つに分かれているが、主人公たち特殊事案調査分室メンバーは全員東棟に部屋がある。

時計塔の鐘の音とともに学園の校舎の中のみに現れるこの世とは別の世界。
今の現実世界とほとんど変わらないが「夜しかない世界」のような状態で、このときは学園の外への出口が一切無くなり、誰も学園の外に出られなくなる。夜の世界の住人たちもごく普通の学園生活を送っていて通常の世界の人間たちとなんら変わらない様子だが、彼らは『夜』しか知らないので昼の世界の認識が無い。
また同様に通常世界の人間たちも『夜の世界』を知らないので、両方を行き来できるのはごく限られた者たちのみとなっている。

時計塔の鐘の音がなるまでに、生徒を全員校舎から寮に帰す役目の生徒たちが風紀委員である。
任務のためなら多少手荒な手段も許されている特例の存在。彼らは役目上、夜の世界が存在することを全員が知っており、自分たちは特別な仕事をしているという自覚がある。そのため風紀委員になるには学園の許可と審査が必要になる。
学園としては、潜在魔力の高い生徒、将来的に魔力が成長する可能性のある生徒を風紀委員として選び出している。